Das Generalsekretariat ist der Dreh- und Angelpunkt zwischen dem Vorsteher und den Dienststellen und verantwortet die Koordination der Tätigkeiten aller Bereiche und Dienststellen der FKD. Zusammen mit dem Vorsteher stellt es die Führungsinstrumente sicher und verantwortet gemeinsam mit ihm die strategische und operative Weiterentwicklung der Direktion. Das Generalsekretariat erbringt Services in den Bereichen Gemeinden, Personal, Kirchen, Digitale Transformation, Gleichstellung, Recht und Finanzen sowie Kommunikation; es ist gleichermassen nach innen und nach aussen gerichtet.